أنشئت جامعة وادي النيل في إطار قرارات ثورة التعليم العالي بموجب مرسوم جمهوري صادر في 14/يونيو/1990م وكانت كليتي الهندسة التي أسست عام 1971م  وكلية التربية في 1984 هما النواة الاساسيه للجامعة . وتطورت الجامعة حتى بلغ عدد كلياتها عام 1991م عشر كليات موزعه من مدينة وادي حلفا في الشمال حتى شندى والمتمه جنوبا  وفى عام 1994 قسمت الكليات على ثلاث جامعات هي(جامعة وادي النيل – دنقلا – شندى ) وكان نصيب جامعة وادي النيل منها أربع كليات وهى الهندسة –التربية – التجاره وادارة الأعمال –العلوم الاسلاميه والعربيه. وفى عام 1998 اصبح عدد كليات الجامعة ثمانية كليات  بإضافة أربع كليات  هي الزراعة – الشر يعه والقانون – الطب –المعلمين  ثم أضيفت اخيراً كلية العلوم والتقانه وكلية تنمية المجتمع وكلية الدراسات العليا بجانب ذلك تضم الجامعة وحدة للتعليم المفتوح وعدد من المراكز البحثية .