أسست كلية الدراسات العليا كوحدة عام 1994م بمدينة عطبرة بهدف تنظيم وتشجيع البحث العلمي بالتنسيق مع كليات الجامعة من خلال تنفيذ برامج الدبلوم العالي في العلوم الإنسانية، ونتيجة للتوسع والتطور في برامج الدراسات العليا التي تقدمها الجامعة وازدياد أعداد الطلاب تطورت الوحدة إلى كلية في العام 2002م. تقدم الكلية برامج الماجستير والدكتوراه بالتنسيق مع اللجان العلمية المتخصصة بكليات الجامعة المختلفة لتنفيذ البرامج الدراسية وتطويرها وإضافة برامج جديدة تلبي حاجة المجتمع من التخصصات المختلفة وفقاً لمعايير الجودة الشاملة.