أنشئت مع قيام الجامعة في عام 1991م وكان مقرها برئاسة الجامعة بالدامر. وكانت تسمى أمانة الشؤون العلمية وعلى رأسها أمين الشؤون العلمية، ثم عدل اسمها إلى عمادة الشؤون العلمية في عام 2006م.

تضم عمادة الشؤون العلمية أربعة أقسام هي:قسم القبول والتسجيل – قسم التوثيق والشهادات –قسم شؤون الأساتذة – قسم الإحصاء والمعلومات. في يونيو 2008م أفتتح مركز القبول والتسجيل واستخراج وتوثيق الشهادات لتتم فيه جميع إجراءات استخراج الشهادات العامة لبرامج: الدبلوم العام – البكالريوس – الدراسات العليا، كما يتم فيه إعتماد شهادات التفاصيل المستخرجة من الكليات بالإضافة لاستخراج الافادات الإدارية (شهادة قيد، الإجراءات الهجرية، تصحيح اسم …الخ). في العام 2010م تم تطبيق نظام التسجيل الإلكتروني بالاتفاق مع بنك فيصل الإسلامي وتم تطوير برنامج حاسوبي لذلك الغرض مع اعداد قاعدة بيانات للطلاب تحدث في بداية كل عام دراسي. بعد التوسع في الكليات وازدياد اعداد الطلاب تم تطوير حزمة الكترونية للنظام الاكاديمي في العام 2018م تشتمل هذه الحزمة على برمجيات للتسجيل وإعداد واستخراج النتائج واستخراج الشهادات.